הארגון קורא הבוקר (ב') להקים הקמת ועדת חקירה ממלכתית על רקע פרשת פגסוס. בהודעה תקשורת מטעם ארגון העיתונאים נאמר כי "הוטל אות קלון על המשטר הדמוקרטי בישראלי, לא ייתכן שמשטרת ישראל עוקבת אחר עיתונאים ומקורותיהם, מנכ"לי משרדי ממשלה וראשי ערים ללא אישור בית המשפט".הצורך בהקמת ועדת חקירה ממלכתית עלה בעקבות החשיפה האחרונה של  כלכליסט, במסגרתה התגלה כי הושתלה רוגלת פגסוס שעקבה אחר מנכ"לי משרדי ממשלה, ראשי ערים, אנשי עסקים ועיתונאים.

"הבוקר נחשף כי הוטל אות קלון על המשטר הדמוקרטי בישראלי. משטרת ישראל משתמשת בתוכנת ריגול כדי לפרוץ מרחוק לטלפונים של עיתונאים ומקורותיהם, אישי ציבור ואזרחים ישראלים ללא צווי חיפוש או האזנה.

חופש העיתונות והחיסיון העיתונאי מהווים אבני בניין מרכזיות בחומה המגנה על משטר דמוקרטי ומעמדן מעוגן היטב בדין הישראלי. ניהול מעקבים אחרי עיתונאים ומקורות עיתונאיים מהווה פגיעה חמורה בחופש העיתונות, בחיסיון מקורות ובזכויותיו של הציבור. יש להקים באופן מיידי וועדת חקירת ממלכתית שתחקור את הפרשה ללא מורא ומשוא פנים. רק לוועדת חקירה ממלכתית יש סמכות לזמן עדים ולחקור את כל הנוגעים בדבר".

לפני כחודש פנה הארגון ליועץ המשפטי לממשלה בדרישה להתערבותו ובדיקתו האם בוצעו מעקבים אחר עיתונאים. עד כה טרם נענתה הפנייה, ואולם מהפרסום בכלכליסט מהבוקר עולה שהתשובה על כך כנראה חיובית.