הוועד המנהל, הוועדות השונות והצוות המקצועי הם אבני הבניין שעליהם מושתת ארגון העיתונאים. היו”ר, הוועד המנהל וחברי ועדת ביקורת נבחרו לתפקידם לראשונה בשנת 2016 ולאחרונה בבחירות שהתקיימו באביב 2021.
הוועד המנהל מונה 11 חברים שנבחרו מתוך ועל ידי חברי הארגון בעלי זכות הבחירה, לצד 9 נציגי הוועדים בכלי התקשורת המאורגנים ויו”ר הארגון. סך הכל 21 חברים.
הוועד המנהל מתכנס בתדירות של אחת לחודש, דן בעניינים שעל סדר היום, מתווה את מדיניות הארגון ומוסמך לקבל החלטות. הוועד המנהל בוחר מבין חבריו את ועדת הכספים של הארגון וכן יושבי ראש לוועדות נוספות כמו ועדת חברים, ועדת יחסי עבודה, וגם ועדת אתיקה ומשמעת. הוועד המנהל גם אחראי על מינוי ועדת בחירות לפני בחירות למוסדות הארגון.